AMPLIFIKASI DNA DAN SEKUENSING DAERAH ITS-1 rDNA TRICHODERMA Sp. LBKURCC22

Abstract

Salah satu mikroorganisme biokontrol yang dikenal luas adalah jamur Trichoderma sp. Mikroorganisme ini adalah jamur penghuni tanah yang dapat diisolasi dari perakaran tanaman lapangan. Trichoderma sp.yang berhasil diisolasi dari hutan gambut cagar biosfer Giam Siak Kecil Bukit Batu (GSKBB) disimpan pada Koleksi Kultur Laboratorium Biokimia Universitas Riau dengan kode galur LBKURCC22. Identifikasi secara morfologi terhadap LBKURCC22 menunjukkan ciri yang dimiliki Trichoderma sp. Identifikasi secara morfologi belum memberikan kepastian spesies ataupun hubungan kekerabatan dengan spesies Trichoderma lainnya. Identifikasi isolat fungi di tingkat spesies telah terbukti sulit, karena tingkat kesamaan morfologi yang sangat tinggi, oleh karena itu perlu digunakan metode-metode molekuler untuk penentuan spesies fungi secara tepat. Metode molekuler untuk identifikasi spesies adalah berdasarkan penentuan sekuens DNA dan analisis filogenetik. Isolasi dan amplifikasi DNA merupakan langkah pertama untuk dapat menentukan sekuens DNA diikuti dengan analisis filogenetik. Salah satu analisis molekuler yang berkembang adalah penentuan sekuens ribosomal DNA (rDNA) pada daerah Internal Transcribe Spacer (ITS) Trichoderma sp. Pada penelitian ini dilakukan isolasi DNA kromosomal, penentuan berat molekulnya, amplifikasi dan sekuensing daerah ITS-1 rDNA Trichoderma sp LBKURCC22. Molekul DNA kromosomal Trichoderma sp LBKURCC22 berhasil diisolasi dari kultur berumur maksimum 3 hari, dan memberikan pita elektroforesis sebesar 12,475 pb. Amplifikasi PCR untuk daerah ITS-1 rDNA yang paling baik adalah menggunakan pasangan primer ITS5 dan ITS2, sehingga diperoleh produk amplifikasi berukuran 384 pb. Produk PCR dimurnikan, dan disekuens untuk memberikan sekuens ITS-1 dari rDNA Trichoderma sp LBKURCC22 yang akan dapat digunakan untuk analisis filogenetik.

Kata kunci: Internal Transcribed Spacer, ITS-1, Ribosomal DNA, Trichoderma